Бесшумный флот

После поражения Мьюри Ундзэн от рук Медаки Куроками и студенческого совета Академия Хаконива временно вернулась к спокойному режиму. Медака, Дзэнкити Хитоёси, Коки Акунэ и Могане Кикаидзиме сталкиваются с новой угрозой, превосходящей предыдущие по сложности. В академии начинают происходить странные события, связанные с директором школы, который скрывает свои истинные намерения. Он запускает «План Флакона» - проект, основанный на манипуляциях и подавлении, постепенно поглощающий окружающее пространство.

Основная опасность исходит от группы новых студентов под названием «Партия тринадцати». Эти обладающие сверхспособностями молодые люди действуют под руководством харизматичного и самоуверенного Удо Мияконодзе. Их цель - захват власти и разрушение установленного после предыдущей битвы порядка. Удо, обладающий значительной силой и продуманными планами, представляет серьёзную проблему для студенческого совета. Ситуация осложняется возвращением старого врага, который ранее был побеждён, но теперь намерен завершить начатое.