Оркестр Фудзими

События разворачиваются в альтернативной версии периода Эдо, где власть принадлежит сёгунату Токугава, но фактически управление перешло к инопланетным захватчикам. Часть населения смирилась с новым порядком, однако некоторые самураи продолжают тайное сопротивление. Среди них выделяется несколько персонажей, ведущих собственную войну против власти. Повстанческие группы не имеют единой структуры - в их рядах действуют бандиты, сотрудничающие с инопланетянами. Район Кабуки, где происходят основные события, сохраняет привычный уклад жизни, несмотря на политические изменения.

За два года, прошедшие с момента первого сезона, ключевые персонажи претерпели изменения. Молодой ученик Синпати Симура окреп и обрел уверенность. Гинтоки, владелец агентства "Гин на все руки", стал более суровым бойцом, о чем свидетельствуют полученные им шрамы. Персонажи продолжают участвовать в различных столкновениях и конфликтах, связанных как с политической ситуацией, так и с повседневными проблемами жителей района.